Năm 323, Tấn Nguyên Đế chết, thái tử Tư Mã Thiệu lên ngôi vua, tức là Tấn Minh Đế. Lúc Nguyên Đế còn sinh thời từng thương yêu người con thứ là Lang Nha vương Tư Mã Bầu, muốn phế Thiệu mà lập Bầu làm thái tử, nhưng Vương Đạo cực lực khuyên gián nên Thiệu mới giữ được ngôi thái tử. Khi Minh Đế lên ngôi, bèn thăng ông lên làm Tư đồ. Sang năm 324, Vương Đôn khởi loạn lần thứ hai trong lúc sắp hấp hối, Vương Đạo bèn lập kế đưa con em ra để tang làm cho quân sĩ nhà Tấn trở nên phấn khích. Cùng năm đó, Minh Đế dẹp xong loạn Vương Đôn, thăng ông làm Thứ sử Dương châu, tước vị Thủy Hưng quận công, thực ấp 3000 hộ, sau lại thăng làm Thái bảo, Tư đồ như cũ và ban cho vinh dự lớn là nhập triều không xưng tên, tán bái không được gọi tên, được mang kiếm lên điện. Vương Đạo từ chối.

Khi Tấn Minh Đế sắp mất, Vương Đạo và Dữu Lượng (Anh của Dữu hoàng hậu) được nhận di chiếu và trở thành người phụ chính cho vua mới là Tư Mã Diễm (Tấn Thành Đế), được ban kiếm dài 20 phân. Những năm đầu thời Tấn Thành Đế, Thạch Lặc xâm lấn Phụ Lăng, Vương Đạo được phong làm Đại tư mã, Hoàng Việt xuất quân thảo phạt, cuối cùng đánh tan được quân Hậu Triệu.

Tấn Thành Đế (327 - 342) lên ngôi khi mớ 4 tuổi, thái hậu Dữu thị lâm triều chấp chính, Vương Đạo tiếp tục phụ chính cho hoàng đế nhỏ tuổi. Năm 327, Dữu Lượng nhận thấy Tô Tuấn ở vùng Lịch Dương[18] khinh thường triều đình nên muốn triệu về kinh trừ đi, bèn nhân danh Thành Đế, phong cho Tô Tuấn làm Đại tư nông, Tán kị thường thị[19], để lừa về triều. Vương Đạo nhận thất Tô Tuấn là người âm hiểm, tất sẽ không chịu nghe chiếu[20] nên khuyên Dữu Lượng hãy khoan động binh, nhưng Dữu Lượng cũng không nghe. Ông lại cùng Biện Hồ, Ôn Kiệu cực lực khuyên ngăn cũng không có kết quả.

Tô Tuấn nhiều lần gửi thư về triều từ chối chức quan, Dữu Lượng không chịu và lại triệu quân đội phòng bị, phong cho Bắc Trung lang tướng Quách Mặc làm Hậu tướng quân, Đồn kị giáo úy, em Lượng là Tư đồ tả trưởng sử Dữu Băng làm Ngô quốc nội sử để phòng bị Tô Tuấn, làm cho Tô Tuấn vào đường cùng, quyết định lấy danh nghĩa thảo phạt Dữu Lượng, xuất binh vào cùng năm đó. Tô Tuấn còn liên kết với Tổ Ước, đưa quân lần lượt tiêu diệt các cánh quân của Đào Phức, Tư Mã Lưu... ra sức cướp bóc, giết chóc và khống chế triều đình.

Vương Đạo cử tham quân Viên Đam đến dụ bè đảng của Lô Vĩnh, nhưng việc không thành. Thượng thư tả thừa Khổng Thản và Tư đồ Tư Mã Đào lại khuyên Vương Đạo và Dữu Lượng nên nhân lúc Tô Tuấn chưa đến Kiến Khang hãy phong tỏa Phụ Lăng trước để nắm thế chủ động, Vương Đạo đã đồng ý nhưng Dữu Lượng không nghe. Sau đó, Tô Tuấn liên tiếp giành thắng lợi, đoạt được Cô Thục, lấy được nhiều của cải rồi hướng về Kiến Khang, lúc đó Dữu Lượng mới hối hận.

Năm 328, Tô Tuấn tiến đánh Kiến Khang, sắp tiến vào cung. Vương Đạo bảo Thị trung Trử Sáp

Trử Sáp vâng lệnh, đi vào cung, ẵm Thành Đế (lúc đó mới 5 tuổi) lên điện. Sau đó Vương Đạo cũng vào cung, cùng Quang Lộc đại phu Lục Diệp, Hữu vệ tướng quân Lưu Siêu, Thái thường Khổng Du... đứng hầu bên ngai vàng, bảo vệ hoàng đế.

Tô Tuấn vào đến Kiến Khang, ra sức làm những điều bạo ngược[21], tuy nhiên không hỏi đến tội của Vương Đạo và Dữu Lượng mà vẫn cho giữ nguyên chức cũ.[22] Các tướng của Tuấn là Lộ Vĩnh, Khuông Thuật và Giả Ninh khuyên Tuấn nên giết Vương Đạo và các đại thần trong triều, nhưng do Tô Tuấn kính trọng Vương Đạo, vì thế không nghe.

Thấy Lộ Vĩnh bắt đầu có ý phản lại Tô Tuấn, Vương Đạo bèn phái tham quân Viên Đam đến thuyết phục Lộ Vĩnh liên kết với minh, cùng nhau đưa hoàng đế ra ngoài cung rồi lấy danh nghĩa thảo phạt Tô Tuấn, nhưng quân thủ vệ của Tô Tuấn phòng bị nghiêm mật, cuối cùng sự việc không thành, Vương Đạo phải cùng hai con và Lộ Vĩnh bỏ trốn sang Bạch Thạch. Tuy nhiên cũng trong lúc đó, Dữu Lượng, Ôn Kiệu, Đào Khản hợp quân cần vương, trong khi Tô Tuấn đã rời khỏi kinh thành. Vương Đạo biết được, mượn di chiếu của Dữu thái hậu (vốn đã chết vào tháng 3 năm đó) kêu gọi quan lại các nơi cứu thiên tử. Tô Tuấn bị bại trận liên tục, rồi bị giết vào tháng 8 năm đó, em là Tô Dật lên nắm giữ binh quyền.